Aseguradas alternativamente cada dos años por el Presidente de la Aglomeración Côte Basque - Adour o su representante, y el Diputado General de Gipuzkoa o su representante.

Órgano de decisión política, compuesto por el presidente y el vicepresidente, así como por los representantes de las instituciones miembros de la agrupación.

Compuesto por un representante de la Diputación Foral de Gipuzkoa y otro de la Aglomeración Côte Basque - Adour, se encarga de aplicar las decisiones del colegio de miembros y de la gestión de la agrupación.

El comité de dirección está compuesto por dos codirectores procedentes de las instituciones fundadoras, y se encarga de la gestión cotidiana de los proyectos.